기준일: 2026-10-07 · 확인 출처: 국세청 ‘의료비·보험료 세액공제’ 안내, 소득세법 제59조의4
연말정산 의료비 공제는 1년 동안 쓴 의료비 중 총급여의 3%를 넘는 금액에 15%를 세액공제합니다.
본인·6세 이하·65세 이상·장애인을 위한 의료비는 한도가 없고, 그 밖의 가족 의료비는 연 700만 원까지 인정합니다.
미숙아·선천성이상아는 20%, 난임시술비는 30%로 공제율이 더 높습니다.
1. 대상별 한도와 공제율
국세청 안내 표를 옮긴 것입니다.
| 구분 | 공제 대상 금액 한도 | 공제율 |
|---|---|---|
| 일반 기본공제대상자(배우자, 7세 이상 자녀 등) | 연 700만 원 | 15% |
| 본인·6세 이하·65세 이상·장애인 | 한도 없음 | 15% |
| 미숙아·선천성이상아 | 한도 없음 | 20% |
| 난임시술비 | 한도 없음 | 30% |
| 산후조리원 비용 | 출산 1회당 200만 원 | 해당 구분 공제율 |
- 의료비 공제의 가족 범위는 기본공제대상자이되 나이와 소득 제한을 받지 않습니다. 소득이 있어 기본공제를 못 받는 부모님이라도 근로자가 실제로 낸 의료비면 공제할 수 있습니다.
- 소득세법은 중증질환·희귀난치성질환·결핵 환자 의료비도 한도 없는 그룹에 넣습니다.
- 2024년 지출분부터 장애인활동지원급여 본인부담금도 포함됩니다.
2. 3% 문턱을 빼는 순서
소득세법 제59조의4가 정한 순서는 다음과 같습니다.
- 일반 가족 의료비에서 총급여 × 3%를 먼저 뺍니다. 남은 금액은 700만 원까지만 인정합니다.
- 일반 가족 의료비가 3%에 못 미치면, 모자란 금액을 본인 등 한도 없는 의료비에서 뺍니다.
- 그래도 모자라면 미숙아·선천성이상아 의료비, 그다음 난임시술비 순서로 뺍니다.
즉, 3% 문턱은 공제율이 낮은 항목부터 채웁니다. 공제율 높은 난임시술비는 가능한 한 그대로 남깁니다.
3. 연말정산 의료비 공제 계산 예시
공식대로 직접 계산해 검산한 값입니다.
예시 ① 총급여 5,000만 원, 배우자 의료비 300만 원
- 3% 문턱: 150만 원
- 300만 − 150만 = 150만 원 × 15% = 22만 5천 원
예시 ② 총급여 4,000만 원, 본인 200만 원 + 배우자 50만 원
- 3% 문턱 120만 원, 배우자 50만 원으로는 70만 원이 모자람
- 본인 200만 − 70만 = 130만 원 × 15% = 19만 5천 원
예시 ③ 총급여 6,000만 원, 배우자 1,000만 원 + 70세 어머니 400만 원
- 배우자: 1,000만 − 180만 = 820만 원 → 한도 700만 원 적용
- 어머니: 400만 원(한도 없음)
- (700만 + 400만) × 15% = 165만 원
예시 ④ 총급여 5,000만 원, 난임시술비 300만 원만 있음
- 다른 의료비가 없어 문턱 150만 원을 난임시술비에서 뺌
- 150만 원 × 30% = 45만 원
예시 ⑤ 총급여 5,000만 원, 배우자 100만 원 + 본인 30만 원 + 난임시술비 200만 원
- 문턱 150만 원 중 배우자 100만 원으로 채우고 50만 원이 남음
- 본인 30만 원으로 다시 채우고 20만 원이 남음
- 남은 20만 원을 난임시술비에서 빼 180만 원 × 30% = 54만 원
- 순서를 거꾸로 해 난임시술비에서 먼저 뺐다면 공제액이 더 작아지므로, 법이 정한 순서가 근로자에게 유리합니다.
계산 결과가 그해 낼 세금(산출세액)보다 크면 남는 부분은 돌려받지 못합니다.
4. 공제되지 않는 비용
국세청이 안내하는 제외 항목입니다.
- 실손보험 등으로 돌려받은 금액: 의료비에서 빼고 계산해야 합니다.
- 본인부담금상한제 사후환급금: 국민건강보험공단에서 돌려받은 금액
- 외국 의료기관에 낸 비용
- 간병인에게 준 비용
- 미용·성형 수술비, 건강증진을 위한 의약품 구입비
실손보험금을 빼지 않고 공제를 받으면 나중에 세금을 다시 내야 할 수 있으니 간소화 서비스의 실손보험금 자료를 함께 확인합니다.
5. 신용카드 공제와 중복, 서류 준비
- 카드로 낸 의료비: 국세청 연말정산 요약자료에 따르면 의료비 세액공제와 신용카드 소득공제를 함께 받을 수 있습니다.
- 간소화 자료에 없는 의료비: 병원·약국에서 영수증을 받아 의료비지급명세서와 함께 회사에 냅니다.
- 난임시술비: 간소화 자료에서 일반 의료비와 구분되지 않는 경우가 있어, 시술 의료기관 증빙을 따로 받아 두면 30% 공제율을 적용받기 쉽습니다.
- 연말정산 때 빠뜨렸다면 다음 해 5월 종합소득세 신고나 경정청구로 바로잡을 수 있습니다.
자주 묻는 질문
Q. 맞벌이 부부는 누가 의료비 공제를 받는 게 유리한가요?
3% 문턱이 총급여 기준이므로 급여가 낮은 쪽이 문턱을 넘기 쉽습니다. 다만 그 사람의 산출세액이 공제액보다 작으면 효과가 줄어드니 둘 다 계산해 봅니다.
Q. 6세 이하 자녀 의료비도 700만 원 한도가 있나요?
현재 국세청 표에서 6세 이하는 본인·65세 이상·장애인과 같은 한도 없는 그룹입니다.
Q. 의료비가 총급여 3%보다 적으면 아무 공제도 없나요?
네. 의료비 합계가 3% 문턱을 넘지 않으면 의료비 세액공제액은 0원입니다.
참고 자료
- https://www.nts.go.kr/nts/cm/cntnts/cntntsView.do?cntntsId=7874
- https://www.law.go.kr/LSW/lsLawLinkInfo.do?chrClsCd=010202&lsId=001565&lsJoLnkSeq=1000655191&print=print